El propósito de construir la nueva Catedral de Tijuana nace de Emmo. Sr. Cardenal Juan Jesús Posadas Ocampo (Q.E.P.D.) en el año de 1978, obteniendo del Gobierno Federal la donación de una porción de terreno de la manzana #20 del Desarrollo Urbano Río Tijuana.

Los gobernadores en turno juegan un papel muy importante en las gestiones, que se realizaron a nivel federal en la donación de estos terrenos localizados en Av. Paseo Centenario #10150 manzana #20 del Desarrollo Urbano Río Tijuana, primera etapa.

El 30 de enero de 1979 con ocasión de la primera venida a México del Santo Padre, Juan Pablo II, se bendice la primera piedra, la cual es llevada a la ciudad de Guadalajara, Jalisco, para la bendición Papal.

El 25 de julio de 1983 el Santo Padre promueve al Excmo. Sr. Dn. Emilio Carlos Berlie Belaunzarán como nuevo Obispo de esta diócesis de Tijuana. El Señor Berlie estructura el patronato, adquiriendo nuevos predios anexos a los ya adquiridos. Construyó en 1982 provisionalmente la parroquia Nuestra Sra. de Guadalupe del Río , la cual ha tenido hasta el momento tres párrocos formales.

El 8 de abril de 1995 el Señor Obispo Don Emilio Carlos Berlie Belaunzarán es nombrado por el Santo Padre, Arzobispo de Mérida.

El 24 de febrero de 1996 llega a nuestra ciudad de Tijuana nuestro actual Arzobispo, Don Rafael Romo Muñoz, tomando entre sus prioridades llevar a cabo la realización de este proyecto, para lo cual continuó con la adquisición de nuevos predios, logrando así obtener en su totalidad la manzana #20, que cuenta con una superficie de 17,935.30 m². Logró adquirir también 4,914.42 m² de la manzana #21, predio en el cual se construirá el estacionamiento.

Para abril de 2009 se lleva construida una buena parte del gran atrio, en lo que sobre sale la fuente central y los nichos.